یک پرونده PDB چیست؟

نحوه باز کردن، ویرایش و تبدیل فایلهای PDB

یک فایل با فرمت فایل PDB به احتمال زیاد یک فایل ایجاد شده در فرمت پایگاه داده برنامه است که برای نگهداری اطلاعات اشکالزدایی در مورد برنامه یا ماژول، مانند فایل DLL یا EXE استفاده می شود. آنها گاهی به نام فایل های نمادین هستند.

فایل های PDB فایل اجزای مختلف و اظهارات در یک کد منبع را به محصول نهایی خود اضافه کرده و سپس اشکال زدا می تواند برای پیدا کردن فایل منبع و محل در اجرایی که در آن باید فرآیند اشکالزدایی را متوقف کند، نمایش داده شود.

بعضی از فایل های PDB ممکن است در عوض در فرمت فایل پروتئین بانک اطلاعات باشند. این فایل های PDB فایل های متنی ساده هستند که مختصات مربوط به ساختارهای پروتئین را ذخیره می کنند.

سایر فایل های PDB احتمالا در پایگاه داده Palm یا PalmDOC ایجاد می شود و با سیستم عامل PalmOS همراه می شود . بعضی از فایل ها در این فرمت به جای فرمت فایل PRC استفاده می شود.

چگونه فایل PDB را باز کنیم

برنامه های مختلف از پرونده PDB خود استفاده می کنند تا داده ها را در نوع خاصی از قالب پایگاه داده ساختار ذخیره کنند، بنابراین هر برنامه برای باز کردن فایل نوع PDB خود استفاده می شود. Geneious، Intuit Quicken، مایکروسافت ویژوال استودیو و Pegasus فقط چند نمونه از برنامه هایی هستند که ممکن است از یک فایل PDB به عنوان یک فایل پایگاه داده استفاده کنند. رادار و PDBparse ممکن است برای باز کردن فایل های PDB نیز کار کنند.

برخی از فایل های PDB به عنوان متن ساده، مانند فایل های پایگاه داده Debug Database Geneious ذخیره می شوند و اگر در ویرایشگر متن باز شوند، به طور کامل قابل خواندن هستند. شما می توانید این نوع فایل PDB را با هر برنامه ای که می تواند اسناد متنی را بخواند، مانند برنامه ساخته شده در Notepad در ویندوز باز کنید. برخی از بینندگان و ویرایشگران فایل PDB شامل Notepad ++ و Brackets هستند.

فایل های پایگاه داده دیگر PDB اسناد متنی نیستند و زمانی که با برنامه ای که برای آن در نظر گرفته شده، مفید است. به عنوان مثال، اگر فایل PDB شما به نوعی به Quicken مرتبط است، سپس از این نرم افزار برای مشاهده یا ویرایش فایل PDB استفاده کنید. ویژوال استودیو انتظار دارد فایل PDB را در پوشه مشابه فایل DLL یا EXE ببیند.

شما می توانید پرونده های PDB را مشاهده کنید که فایل پروتئین بانک اطلاعاتی در ویندوز، لینوکس و macOS با Avogadro دارند. Jmol، RasMol، QuickPDB، و USCF Chimera همچنین میتواند فایل PDB را باز کند. از آنجا که این فایل ها متن ساده هستند، می توانید فایل PDB را در یک ویرایشگر متن نیز باز کنید.

Palm Desktop باید بتواند فایلهای PDB را که در فرمت پرونده Palm Database هستند را باز کند، اما ممکن است لازم باشد ابتدا آن را تغییر نام دهید تا پسوند فایل PRC را برای آن برنامه شناسایی کنید. برای باز کردن فایل PalmDOC PDB، STDU Viewer را امتحان کنید.

چگونه فایل PDB را تبدیل کنیم

فایل های پایگاه داده برنامه به احتمال زیاد نمی توانند به یک فرمت فایل دیگر تبدیل شوند، حداقل با یک ابزار مبدل فایل معمولی . در عوض، اگر ابزاري وجود دارد که بتواند اين نوع پرونده PDB را تبديل کند، برنامه مشابهي خواهد بود که بتواند آن را باز کند.

به عنوان مثال، اگر شما نیاز به تبدیل فایل پایگاه داده PDB خود را از Quicken، سعی کنید از آن برنامه برای انجام آن استفاده کنید. این نوع تبدیل، با این حال، احتمالا نه تنها از کاربرد کمی استفاده می کند، بلکه در این برنامه های پایگاه داده پشتیبانی نمی شود (یعنی شما احتمالا نیازی به تبدیل این نوع فایل PDB به هر فرمت دیگر ندارید).

فایل های پروتئین بانک اطلاعات را می توان به مشروط به سایر فرمت ها تبدیل کرد. برای انجام این کار ابتدا باید PDB فایل را به WRL با PyMOL از منوی File> Save Image As> تبدیل کنید و سپس فایل WRL را در MeshLab وارد کنید و از منوی File> Export Mesh As استفاده کنید تا نهایتا تبدیل PDB فایل به STL یا فرمت دیگر فایل.

اگر شما نیازی به مدل نداشته باشید، می توانید فایل PDB را مستقیما به STL با USCF Chimera (لینک دانلود در بالا) صادرات کنید. در غیر این صورت، شما می توانید همان روش فوق (با MeshLab) را برای تبدیل PDB به WRL با chimera USCF استفاده کنید و سپس فایل WRL را به STL با MeshLab صادر کنید.

برای تبدیل PDB به PDF یا EPUB ، اگر شما یک فایل PalmDOC دارید، ممکن است تعدادی از راه ها وجود داشته باشد، اما ساده ترین راه این است که از مبدل PDB آنلاین مانند Zamzar استفاده کنید . شما می توانید فایل PDB خود را به آن وب سایت آپلود کنید تا بتوانید آن را به آن فرمت ها تبدیل کنید و همچنین به فایل های AZW3، FB2، MOBI ، PML، PRC، TXT و سایر فرمت های فایل کتاب.

برای تبدیل فایل PDB به فرمت FASTA می توان با PDB آنلاین Meiler Lab به مبدل FASTA انجام داد.

همچنین ممکن است تبدیل PDB به CIF (قالب اطلاعات کریستالوگرافی) آنلاین با استفاده از PDBx / mmCIF.

خواندن پیشرفته در فایل های PDB

شما می توانید اطلاعات بیشتری در مورد فایل های پایگاه داده برنامه از مایکروسافت، GitHub و Wintellect بخوانید.

در مورد فایل های پروتئین بانک اطلاعات نیز بیشتر بدانید. بانک اطلاعات پروتئین در سراسر جهان و PDB RCSB را ببینید.

فایل شما هنوز باز نشده است؟

فایل های PDB که با هیچ یک از ابزارهای بالا باز نمی شوند، احتمالا در واقع فایل های PDB نیستند. آنچه ممکن است رخ دهد این است که شما فرمت فایل را اشتباه خوانده اید؛ برخی از فرمت های فایل از یک پسوند بسیار شبیه به ".PDB" استفاده می کنند زمانی که آنها واقعا غیر مرتبط هستند و کار نمی کنند.

به عنوان مثال، یک فایل PDF یک فایل سند است، اما اکثر برنامه های بالای بالا اگر شما سعی در باز کردن یکی با این برنامه های نرم افزاری نداشته باشید، متن و / یا تصاویر درست نمی شود. همین امر برای فایل های دیگر با پسوند فایل های مشابه به صورت صوتی مانند PD، PDE، PDC و فایل های PDO صادق است.

PBD یکی دیگر از متعلق به برنامه پشتیبان گیری EaseUS Todo است و بنابراین تنها زمانی مفید است که با آن نرم افزار باز شود.

اگر شما یک فایل PDB ندارید، پس از آن فایل مورد نظر خود را بررسی کنید تا بتوانید برنامه مناسب را باز کنید یا آن را تبدیل کنید.